Στις 11 Φεβρουαρίου του 2001 ο Arjan Beqaj έγινε ο πρώτος τερματοφύλακας στην ιστορία του ελληνικού πρωταθλήματος που σκοράρει με κεφαλιά.
Εκείνη τη μέρα ο ΟΦΗ, στην πρώτη του μετά-Γκέραρντ εποχή, υποδεχόταν τον Πανηλειακό, με τις δύο ομάδες να έχουν κοινό στόχο αυτόν την αποφυγής του υποβιβασμού. Οι Πυργιώτες αν και είχαν πάρει προβάδισμα με 0-2 το είδαν να χάνεται, αρχικά με τη μείωση του σκορ από τον Άγγελο Διγκόζη και έπειτα με την ισοφάριση στο 5ο λεπτό των καθυστερήσεων από τον τότε τερματοφύλακα του ΟΦΗ, Arjan Beqaj.
Ο Αλβανός πορτιέρο διένυε την τέταρτή του σεζόν στο Ηράκλειο, από το οποίο αποχώρησε το 2003 έχοντας συνολικά 151 συμμετοχές σε όλες τις διοργανώσεις, με 53 clean sheets αλλά και ένα γκολ στο ενεργητικό του. Το καλοκαίρι του 2003 έγινε κάτοικος Νίκαιας, όπου και οι περισσότεροι τον θυμόμαστε με τη φανέλα του Ιωνικού.
Με τους Κυανόλευκους είχε τρεις γεμάτες σεζόν, συμπληρώνοντας συνολικά 90 συμμετοχές με 23 clean sheets, αποχωρώντας από την ομάδα στην τελευταία της αξιοπρεπή σεζόν στην Α’ Εθνική πριν υποβιβαστεί.
Σαν παίκτης της Ανόρθωσης κατάφερε να αγωνιστεί μέχρι και στο Champions League, τη σεζόν 2008-09, κατακτώντας και το εγχώριο πρωτάθλημα την προηγούμενη ακριβώς σεζόν. Κατά τη θητεία του στην Κύπρο είχε και τις περισσότερες συμμετοχές με την Εθνική Αλβανίας.