Μετά από την τελευταία απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου της ΚΟΠ η τροποποίηση του Πρωταθλήματος Cyta περιόδου 2020/2021, διαμορφώθηκε ως εξής:
Μετά την λήξη της πρώτης φάσης δεν διαβαθμίζεται καμία ομάδα. Οι 14 ομάδες διαχωρίζονται ανάλογα με την θέση κατάταξης στον πίνακα του Πρωταθλήματος σε δύο ομίλους. Το ένα όμιλο με έξι ομάδες και ένα όμιλο με οκτώ ομάδες.
Οι πρώτες έξι ομάδες της βαθμολογίας στις θέσεις 1 μέχρι 6 θα αποτελούν τον πρώτο όμιλο. Οι οκτώ ομάδες που θα τερματίσουν στις θέσεις 7 μέχρι 14 θα αποτελούν τον δεύτερο όμιλο.
Στην δεύτερη φάση του Πρωταθλήματος για κάθε όμιλο ξεχωριστά θα διεξάγονται διπλοί αγώνες στις έδρες των διαγωνιζόμενων ομάδων.
Για τον πρώτο όμιλο θα διεξάγονται αγώνες για την κατάταξη των ομάδων από την θέση 1 μέχρι 6 και στον δεύτερο όμιλο για την κατάταξη των ομάδων από την θέση 7 μέχρι 14.
Στην δεύτερη φάση η σειρά των αγώνων καθορίζεται όπως πιο κάτω για κάθε όμιλο:
Για τον Α’ όμιλο:
1η Αγωνιστική: 6-1, 2-5, 4-3
2η Αγωνιστική: 5-6, 1-4, 3-2
3η Αγωνιστική: 6-4, 2-1, 5-3
4η Αγωνιστική: 1-5, 4-2, 6-3
5η Αγωνιστική: 3-1, 2-6, 5-4
6η Αγωνιστική: 1-6, 5-2, 3-4
7η Αγωνιστική: 6-5, 4-1, 2-3
8η Αγωνιστική: 4-6, 1-2, 3-5
9η Αγωνιστική: 5-1, 2-4 ,3-6
10η Αγωνιστική: 1-3 6-2 4-5
Για τον Β’ όμιλο:
1η Αγωνιστική: 1-8, 2-7, 3-6, 4-5
2η Αγωνιστική: 8-5, 6-4, 7-3, 1-2
3η Αγωνιστική: 2-8, 3-1, 4-7, 5-6
4η Αγωνιστική: 8-6, 7-5, 1-4 ,2-3
5η Αγωνιστική: 3-8, 4-2, 5-1, 6-7
6η Αγωνιστική: 8-7, 1-6, 2-5, 3-4
7η Αγωνιστική: 4-8, 5-3, 6-2, 7-1
8η Αγωνιστική: 8-1, 7-2, 6-3, 5-4
9η Αγωνιστική: 5-8, 4-6, 3-7, 2-1
10η Αγωνιστική: 8-2, 1-3, 7-4, 6-5
11η Αγωνιστική: 6-8, 5-7, 4-1, 3-2
12η Αγωνιστική: 8-3, 2-4, 1-5, 7-6
13η Αγωνιστική: 7-8, 6-1, 5-2, 4-3
14η Αγωνιστική: 8-4, 3-5, 2-6,1-7
Όλες οι ομάδες, ανεξάρτητα από τον όμιλο στον οποίο θα αγωνιστούν, θα διατηρούν τους βαθμούς που έχουν κερδίσει στην πρώτη φάση του Πρωταθλήματος.
H σειρά κατάταξης των ομάδων καθορίζεται ξεχωριστά για κάθε όμιλο. Για τον Α’ όμιλο από το 1 μέχρι το 6 και για τον Β’ από το 1 μέχρι το 8.
Μετά την ολοκλήρωση των αγώνων της Β’ Φάσης του Πρωταθλήματος θα διαβαθμιστούν οι τελευταίες τέσσερις ομάδες στο τελικό πίνακα κατάταξης του Β’ ομίλου, οι οποίες κατά την αμέσως επόμενη ποδοσφαιρική περίοδο 2021-2022 θα αγωνίζονται στο πρωτάθλημα της αμέσως κατώτερης Κατηγορίας.